La Dirección ejecutiva del MNS está a cargo de un Director quien es responsable del cumplimiento de los objetivos y plazos establecidos de acuerdo a un plan de trabajo establecido anualmente. El MNS es administrado por un Directorio conformado por representantes de las diversas instituciones participantes que se reúnen cada dos meses para evaluar el cumplimiento de metas y revisión del estado financiero.